Начальной датой юридически закрепленной охраны лесов Бацарского ущелья принято считать 24 апреля 1928 г., когда правительство Грузинской ССР запретило рубку местного тисового леса. В 1935 г. тисовый лес площадью 400 га на северо-восточном склоне Бацарского ущелья был объявлен заповедным, а в 1948 г. заповедную площадь увеличили до 3042 га за счет прилегающих лесов. В 50-е годы заповедник был упразднен, затем восстановлен на площади 800 га, а в 1967 г. расширен до своей прежней максимальной площади. Последующие ведомственные реорганизации не сказались на его площади.
Заповедник находится в бассейне верховьев Алазани, точнее, в бассейне ее правого притока Бацари. Алазани в верховьях течет по Панкисскому ущелью, образованному южными отрогами Главного Кавказского хребта — Панкисским и Дидгверд-Накеральским хребтами. Бацари берет начало в альпийском поясе, у г. Сакисто, течет по рассекающему восточный склон Панкисского хребта узкому извилистому Бацарскому ущелью («бацари» в переводе с грузинского означает «веревка») и впадает в Алазани чуть выше с. Биркиани. Длина Бацари около 14 км.
Территория заповедника целиком лежит в Бацарском ущелье и ограничена гребнями обрамляющих его поднятий. Нижняя, юго-восточная граница заповедника почти доходит до Алазани. Самая высокая точка заповедника — 2000 м у г. Сакисто, самая низкая — около 700 м, у места впадения Бацари в Алазани.
На протяжении веков Бацарское ущелье было заселено. Последнее его заселение происходило на рубеже XIX и XX вв. К 1910 г. в разных местах ущелья жили 18 семей. Основным занятием этих людей было скотоводство. В летнее время скот держали на альпийских лугах в верховьях р. Илто. Пастбища и сенокосы нужно было создавать и в Бацарском ущелье, поэтому местные леса частично вырубались. Для строительства пользовались главным образом ольхой; в качестве топлива предпочитали граб.
Несмотря на то что тис имеет прекрасную древесину, его никогда не вырубали. С языческих времен люди поклонялись этим могучим и прочным деревьям-великанам, наделяя их магическими свойствами. Тисовые рощи Бацарского ущелы? считались священными, благодаря чему они и сохранились. И еще одно свойство тиса защищало и защищает его: хвоя и побеги этого дерева содержат алкалоиды, вызывающие отравление, иногда смертельное, у лошадей и ослов. Поэтому в тисовый лес скот не пускали.
О тисе создано много легенд. Одна из них связана с Иисусом Христом, поэтому тис называют «деревом Бога». Другая легенда гласит, что царицу Тамар однажды попросили разрешить рубки в тисовом лесу. «Об этом не просите»,— ответила царица, после чего тису дали имя «утховари», что значит «чего нельзя просить».
Тис называют еще «негнойдерево». Одно из его грузинских названий — «улпобела» — означает то же самое. Буровато-красная древесина тиса удивительно прочна и не поддается разрушительному действию времени.
В XX в. Бацарское ущелье недолго было обитаемым: последний житель покинул его в 1918 г. Семьи, жившие здесь 20 лет, не могли нанести значительного вреда лесу на площади 3000 га. Заповедник получил достаточно хорошо сохранившиеся лесные массивы, и не только тисовые, но также и буковые, грабовые, каштановые, ольховые.